中國科學(xué)院南京分院是中國科學(xué)院的派出機(jī)構(gòu)，聯(lián)絡(luò)和協(xié)調(diào)中國科學(xué)院駐江蘇、江西兩省的研究所，協(xié)助做好各單位領(lǐng)導(dǎo)干部隊(duì)伍建設(shè)，指導(dǎo)黨建、紀(jì)檢等工作，負(fù)責(zé)中國科學(xué)院與江蘇、江西兩省的院地合作，牽頭承辦中國科學(xué)院大學(xué)南京學(xué)院，聯(lián)絡(luò)與服務(wù)在江蘇省的中科院院士。1950年中國科學(xué)院接管原中央研究院在南京的科研單位，成立中國科學(xué)院華東辦事處。1978年11月，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)建立中國科學(xué)院南京分院。  

　　南京分院系統(tǒng)現(xiàn)有10家法人研究機(jī)構(gòu)，其中空間天文領(lǐng)域有紫金山天文臺、南京天文光學(xué)技術(shù)研究所、南京天文儀器有限公司；資源環(huán)境領(lǐng)域有南京地質(zhì)古生物研究所、南京土壤研究所、南京地理與湖泊研究所；高技術(shù)領(lǐng)域有蘇州納米技術(shù)與納米仿生研究所、蘇州生物醫(yī)學(xué)工程技術(shù)研究所、贛江創(chuàng)新研究院；江蘇省中國科學(xué)院植物研究所為省院共管單位。  

　  截止2023年12月，南京分院共有在職職工2845人，其中科技人員1877人，包括“兩院”院士8人，研究員及正高級工程技術(shù)人員485人，副研究員及高級工程技術(shù)人員802人；國家杰出青年科學(xué)基金獲得者43人，其他國家級各類高層次人才計(jì)劃入選者百余人，江蘇省第六期333工程入選者82人。 

    南京分院系統(tǒng)設(shè)有碩士學(xué)位授予點(diǎn)39個、博士學(xué)位授予點(diǎn)26個；2023年共有在讀研究生3819名（含在讀研究生和聯(lián)合培養(yǎng)研究生）、在站博士后390名。

　　近年來，南京分院強(qiáng)化國家戰(zhàn)略科技力量主力軍的使命擔(dān)當(dāng)，不斷加強(qiáng)原始創(chuàng)新和關(guān)鍵核心技術(shù)攻關(guān)，推動科技創(chuàng)新高質(zhì)量發(fā)展，系統(tǒng)各研究所在地學(xué)、空間天文、納米技術(shù)、生物醫(yī)學(xué)工程等優(yōu)勢學(xué)科領(lǐng)域產(chǎn)出了一批重大原始創(chuàng)新成果。同時，在院省市共同支持下，南京分院深化落實(shí)《中國科學(xué)院 江蘇省人民政府共建南京麒麟科技城推動南京綜合性科學(xué)中心建設(shè)打造南京區(qū)域創(chuàng)新高地合作協(xié)議》，全力推進(jìn)國科大南京學(xué)院建設(shè)，以國家戰(zhàn)略需求為導(dǎo)向、以重大科技設(shè)施與平臺集群建設(shè)為牽引，積極拓展新一代信息技術(shù)、未來能源、生物安全等領(lǐng)域方向，加速建設(shè)空間集聚、學(xué)科集群的中科院南京麒麟?yún)^(qū)域創(chuàng)新高地。 

　　面對新形勢、新要求、新征程，南京分院將深入貫徹黨中央、國務(wù)院、院黨組各項(xiàng)指示精神，對標(biāo)對表習(xí)近平總書記對中科院提出的“四個率先”和“兩加快一努力”要求，當(dāng)好“國家隊(duì)”“國家人”，扛起“國家事”“國家責(zé)”，充分發(fā)揮科教深度融合、院地協(xié)同創(chuàng)新優(yōu)勢，努力成為科技、教育、人才協(xié)同推進(jìn)先行示范基地，為我國科技強(qiáng)國建設(shè)做出應(yīng)有的貢獻(xiàn)。