在八十余年的輝煌所史中，研究所系統(tǒng)開(kāi)展了我國(guó)湖泊綜合調(diào)查與科學(xué)考察，創(chuàng)建了我國(guó)湖泊流域科學(xué)研究的理論體系；開(kāi)辟了中國(guó)湖泊沉積與全球變化研究，奠定了古湖沼學(xué)與過(guò)去全球變化研究在國(guó)內(nèi)的領(lǐng)先地位；開(kāi)拓了我國(guó)湖泊濕地資源高效利用模式，有效解決了20世紀(jì)60-70年代食物資源短缺、蛋白質(zhì)供給不足等民生問(wèn)題；開(kāi)創(chuàng)了中國(guó)國(guó)情分析研究，率先提出了建立節(jié)約型國(guó)民經(jīng)濟(jì)體系的主張；開(kāi)展了中國(guó)農(nóng)業(yè)區(qū)劃研究與專題地圖編制，推動(dòng)中國(guó)區(qū)域地理學(xué)的發(fā)展；拓展了中國(guó)沿海海面變化與區(qū)域響應(yīng)及長(zhǎng)江流域可持續(xù)發(fā)展綜合研究等。

    如今，研究所面向?qū)W科前沿和國(guó)家需求，長(zhǎng)期聚焦湖泊-流域關(guān)鍵過(guò)程與多要素相互作用機(jī)理、湖泊-流域系統(tǒng)演變及對(duì)人類活動(dòng)的響應(yīng)與綜合管理兩大基礎(chǔ)科學(xué)問(wèn)題；圍繞湖泊生態(tài)系統(tǒng)演化、湖泊環(huán)境治理、流域地理與可持續(xù)發(fā)展三大學(xué)科領(lǐng)域，著力發(fā)展湖泊沉積與環(huán)境演變、湖泊生物與生態(tài)、物理湖泊與水文、湖泊環(huán)境與工程、湖泊-流域過(guò)程與調(diào)控、流域資源與生態(tài)環(huán)境、區(qū)域人文經(jīng)濟(jì)地理、遙感與地理信息科學(xué)八個(gè)研究方向，滿足國(guó)家在湖泊-流域環(huán)境治理與生態(tài)修復(fù)、區(qū)域可持續(xù)發(fā)展規(guī)劃與評(píng)估兩個(gè)應(yīng)用研究領(lǐng)域的重大需求，奠定研究所在國(guó)家科技創(chuàng)新體系中引領(lǐng)湖泊-流域科學(xué)創(chuàng)新發(fā)展的地位。

    目前研究所擁有一流的國(guó)家級(jí)研究平臺(tái)，建有湖泊與流域水安全全國(guó)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室(由湖泊與環(huán)境國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室重組建設(shè)，已獲科技部批準(zhǔn)建設(shè))，以及所級(jí)公共技術(shù)中心、信息中心2個(gè)公共支撐平臺(tái)，擁有太湖湖泊生態(tài)系統(tǒng)研究站（國(guó)家站）、鄱陽(yáng)湖湖泊濕地綜合研究站（國(guó)家站）、撫仙湖高原深水湖泊研究站、呼倫湖生態(tài)系統(tǒng)定位觀測(cè)研究站、天目湖流域生態(tài)觀測(cè)研究站、東非大湖與城市生態(tài)研究站、千島湖生態(tài)系統(tǒng)研究站共7個(gè)湖泊野外觀測(cè)站。

    近五年來(lái)，研究所獲得省部級(jí)以上獎(jiǎng)勵(lì)17項(xiàng)，包括江蘇省科學(xué)技術(shù)一等獎(jiǎng)3項(xiàng)，環(huán)境保護(hù)科學(xué)技術(shù)一等獎(jiǎng)1項(xiàng)。發(fā)表論文2000余篇，其中SCI論文1500余篇，一區(qū)二區(qū)SCI論文近1000篇。據(jù)最新ESI排名，研究所環(huán)境學(xué)及生態(tài)學(xué)、地學(xué)、工程學(xué)以及植物與動(dòng)物科學(xué)、社會(huì)科學(xué)5個(gè)學(xué)科躋身全球前1%，高被引論文達(dá)54篇。

    截至目前，研究所共有在職職工近300人，其中研究員及正高級(jí)工程師近70人，副研究員及高級(jí)工程師近100人。國(guó)家高層次人才 60 余人，其中國(guó)家杰出青年科學(xué)基金獲得者9人、國(guó)家優(yōu)秀青年基金獲得者（含海外優(yōu)青）9人�，F(xiàn)設(shè)有地理學(xué)、環(huán)境科學(xué)與工程2個(gè)一級(jí)學(xué)科博士研究生培養(yǎng)點(diǎn)，自然地理學(xué)、人文地理學(xué)、地圖學(xué)與地理信息系統(tǒng)、環(huán)境科學(xué)等4個(gè)二級(jí)學(xué)科博士研究生培養(yǎng)點(diǎn)，自然地理學(xué)、人文地理學(xué)、地圖學(xué)與地理信息系統(tǒng)和環(huán)境科學(xué)等4個(gè)二級(jí)學(xué)科碩士研究生培養(yǎng)點(diǎn)以及資源與環(huán)境類別工程碩士（環(huán)境工程、城市與區(qū)域規(guī)劃 2 個(gè)研究方向）全日制專業(yè)學(xué)位培養(yǎng)點(diǎn)，并設(shè)有地理學(xué)、環(huán)境科學(xué)與工程一級(jí)學(xué)科博士后科研流動(dòng)站。